Dzięki rzeźbie i położeniu Góry Izerskie mają bardzo gęstą sieć cieków wodnych. Wysokie opady przez cały rok, wiele źródlisk oraz ogromne magazyny wody jakimi są torfowiska i lasy, zapewniają rzekom obfitość

Bílá Smědá kilka kilometrów poniżej źródła. Jeszcze spokojny potok wpadając do głębokiej i wąskiej doliny łączy się z Černou i Hnědou Smědou (Czarną i Gniadą Smiedą) i razem gnając szaleńczo w dół, tworzą bogatą we wodę, rwącą rzekę Smědę (w granicach Polski - Witkę)

Zachodnią i południowo-zachodnią część gór odwadnia Nysa Łużycka. Do Nysy wpada również Smědá zbierająca dopływy z północno-zachodnich stoków Smědávskej hory, Jizery oraz płd. Smreka. Innymi ważnymi dopływami Nysy są Jeřica, Řasnica i Lomnica.
Północną część gór odwaniają zaś Kwisa i Kamienica. Obie są dopływami Bobru. Kamienna natomiast, choć swój początek bierze w Karkonoszach, odwadnia znaczną połać wschodnich Gór Izerskich i stanowi między oboma pasmami górskimi pasmami granicę geograficzną. Swe wody toczy do Bobru.

Środkową i południowo-wschodnią część gór odwadnia Izera, od której wzięły one swoją nazwę. Daleko w Czechach wpada do Łaby (która źródła ma opodal, w Karkonoszach), a ta do Morza Północnego. Tym samym przez Góry Izerskie przebiega dział wodny między zlewniami Bałtyku i Morza Północnego. Górny bieg Izery jest jedyny w swoim rodzaju. Ponieważ meandruje przez rozległą, niemal płaską Izerską Łąkę o bardzo małym nachyleniu, w samym sercu gór ma charakter rzeki nizinnej!

Spokojny nurt Izery na Kobylej Łące nie zdradza niszczycielskiej siły rzeki, jaka się ujawnia podczas roztopów i lipcowych opadów

Góry Izerskie są wielką fabryką wody. Rzeki początkowo po łagodnych zboczach, w dalszym biegu spływają stromymi stokami, niezwykle gwałtownie, zwłaszcza podczas roztopów i obfitych letnich opadów. Te duże ilości wody musi przyjąć Pogórze Izerskie - region gęsto zasiedlony po obu stronach granicy polsko-czeskiej.

Ponieważ izerskie rzeki często występowały z brzegów, po katastrofalnej powodzi z 29 lipca 1897 r., kiedy na terenie Gór Izerskich spadły rekordowe ilości deszczu, postanowiono zabezpieczyć region przed kolejnymi podobnymi wydarzeniami i wybudować kilka zapór w dolinach rzek.
Dawniej jedynymi naturalnymi zbiornikami wodnymi w Górach Izerskich były jeziorka bagienne, a sztucznymi tylko niewielkie stawy, służące do napędu pił i szlifierni szkła.
W Czechach do realizacji nowego projektu powołano spółkę »Wodna spółka do regulacji koryt rzecznych i do budowy zapór w dorzeczu Zgorzeleckiej Nysy«. Profesor Otto Intze zaprojektował sześć zapór. Były to pierwsze zapory rzeczne na terenie Czech, więc budziły spore obawy. Ostatecznie wybudowano 5 ciężkich murowanych zapór: zaporę Harcovską, Bedřichovską, Mníšecką, Mlýnicką oraz zaporę Jablonecką. Jednego projektu - tamy na Jeřici - nie zrealizowano.

Tak wypoczywano nad jeziorem Souš w latach 60 XX w.

W 1915 r. zbudowano kolejne. Tama na Bíléj Desné, której Intze nie projektował, zbudowano jako ziemną. Niestety to był fatalny projekt, a istnienie zapory już po roku zakończyło się największą katastrofą hydrotechniczną w historii Czech. Druga, soušská dziś służy jako źródło pitnej wody dla Jablonca nad Nysą. Liberec zaś i Českolipsko zaopatruje zbiornik Josefův Důl (również z tamą ziemną), wybudowany w latach 1976–82.
W planach Ministerstwa rolnictwa ČR leżakują kolejne trzy zapory w okolicach Hejnic. Jednak według licznych oponentów do ich budowy nie ma wystarczających przesłanek. Tym bardziej, że doszłoby do zalania znacznych obszarów w parku krajobrazowym.

Niemcy zdecydowali się na zbiorniki na Pogórzu Izerskim. W 1905 roku utworzono na Kwisie zbiornik Leśniański, a w latach 1919-25 kilka kilometrów w górę rzeki - Zb. Złotnicki. Ponadto na oddzielającym Pogórze Izerskie od Kaczawskiego Bobrze, wybudowano serię mniejszych zapór Bóbr I, II i III oraz nieco poniżej - dużą tamę tworzącą Zb. Pilchowicki.